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「此外，原來六部在司一級通常只有一名郎中、一名員外郎和一兩名主事，這實在太少了，偌大個部，事務堆積如山，靠這點官能做什麼，最終只能是朕與胥吏共天下了，所以，你們要根據實際情況下，在司之下設置科處，並以主事、都事主管，並在科處內安排低品官員為幹事。」朱由崧又補充道。「今後各部尚書為正二品、左右侍郎為正三品、各司郎中為正四品、司下科處主事為正五品，科處內則有若干六七品的幹事。」

馬士英遲疑道：「如此一來，豈不是各部職官數量倍增了嗎？只怕有冗官之嫌疑！」

朱由崧擺擺手：「冗不冗，關鍵是看這些官做不做事，而不是看官的數量，真要向神廟年間，缺官不補，倒是沒有冗官了，但朝廷運行卻失了順暢！另外官職改革的目的就是減少閑曹官員並歸併和撤銷已經是無用的衙門，然後將這些衙門內的官員轉移到那些真正要做事、且事務繁重的衙門去！」

張國維目光一閃，隨即探問道：「陛下的意思是，日後朝廷遷回北京，南都將不再設置留部衙門？」

朱由崧沉默了一會，回復道：「留都這套體制固然在朕繼位這件事上是發揮了作用的，但是不客氣的說，歸根結底起到作用的也就南京兵部、南京戶部等極少數衙門，朕以為相關衙門可以保留，但其他的衙門是否需要存續，值得商榷，或由軍機處來進行統籌安排、決定是否撤銷和歸併！」

馬士英應了一聲：「是，臣等洽商徵詢一番后，再向陛下彙報是否要改易留都體制。」

朱由崧再次點了點頭：「好了，大的框架，朕已經交代了，接下來軍機處就正式開始運作吧；對了，朕稍後還會從地方抽調巡撫、知府、知州、知縣等級別官員加入軍機處，以備卿等參考。」

孫傳庭言道：「陛下，官制改革不宜全面推行，或先著手在京衙門的修訂，待在京衙門整合完畢后，再論地方衙門的更定！」m.

朱由崧笑了笑：「孫先生說的是，卻是應該如此！」

意識到朱由崧的話已經告一段落了，馬士英便提請告退，朱由崧想了想，說道：「孫先生留一下，盧九德也先留下！」

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馬士英有些忌憚的看了孫傳庭一眼，便帶著張國維和王燦成退出了乾清宮！

待馬士英等人離去后，朱由崧對孫傳庭言道：「孫先生，有件事，朕要跟你交個底。」

孫傳庭側耳聆聽，就聽朱由崧說道：「英廟以降，似乎每朝都有類似孫先生這等文臣中的名帥，但這些文臣名帥的數量實在太少了，大多數的文臣，哪怕是做過巡撫總督當過兵部尚書，不知兵的很多，無非是這些人被文臣名帥的光芒遮掩了，所以，至今還有很多士人以為有朝一日自己也能羽扇綸巾、談笑間指揮若定！這很荒謬！」

朱由崧加重語氣道：「當然，有人會拿唐末五代說事，強調文官統兵的重要性，但朕以為，這恰恰是違反了祖制的，所以，朕有些正本清源，恢復洪武、永樂年間制度，以兵部處置軍政，以大都督府處置軍令！」

孫傳庭皺著眉頭問道：「陛下，何為軍政，何為軍令！」

朱由崧解釋道：「軍政包括武職官員的職務任免和軍階晉陞、任職考核、軍功記錄和合適、軍費預結算及臨時報銷、軍馬軍船軍械購置、規劃軍事要塞及要港的建設和裁撤、兵員徵募及退伍安置等等；軍令包括軍事教育、作戰和訓練規劃、軍隊操訓及建設考察、軍事地圖的測繪、軍事條例的制定和修訂！」

朱由崧歸納道：「說白了，大都督府負責軍隊的訓練、教育、作戰準備以及戰時指揮、戰後總結，而兵部則負責解決軍隊的軍費來源、武器來源和武器儲藏、兵員來源等事務。」

從朱由崧的話里，孫傳庭聽出一絲玄妙來：「也就是說，未來兵部將通過控制餉、械、兵源等來鉗制約束大都督府，避免武將產生不軌之心？」

「唐代建立節度使制度的初衷是正確的，錯誤的是，不該讓節度使兵權財權一把抓。」朱由崧沒有正面回答孫傳庭的話，只是說道。「另外，朕為什麼要實施京營化，其實京營化的核心是軍事教育普及化，打破世襲武官對軍隊的控制權，從體制上收緊對軍隊的控制。」

孫傳庭立刻請旨道：「臣想去仔細了解一下京營及紫金山武學。」

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「可以！」朱由崧批准了孫傳庭的請求。「不過，目前國家財力不足，京營及外洋水師，實際由宮廷豢養，因此暫時京營的軍政將繼續由御馬監負責，但軍令是統一的，即由大都督府輔弼朕來指揮全大明的軍隊！」

孫傳庭某種程度上也算特立獨行之輩，所以，他並不在乎文臣集團是否會因為大都督府重組及兵部改制而失去對軍隊的控制，因此，他言辭懇切的回應道：「陛下所言本是正理，天下兵馬就只能聽從陛下一人調度！」

朱由崧當然不會只聽孫傳庭說什麼，他要看孫傳庭做什麼，所以他語氣嚴肅的提醒道：「孫先生，區分軍政軍令的事一定會有極大阻力的，朕希望先生能幫著分擔一二。」

孫傳庭跪下來應承道：「臣責無旁貸！」

朱由崧滿意道：「如此甚好，今日就到這吧，卿先回去忙！」

孫傳庭告退後，朱由崧的目光落在了盧九德身上：「知道讓你進軍機處的目的嗎？」

盧九德目前已經接替退休的韓贊周成為司禮監掌印了，但司禮監掌印名義上是內監中第一人，但實際在司禮監內的權力還不如第一秉筆呢，所以，朱由崧覺得盧九德在司禮監也是無趣，這才把他塞入了軍機處這個臨時機構里。

盧九德回復道：「陛下是不是覺得馬先生雖然俯首帖耳，但立場依舊偏向文臣，再加上門生故舊甚多，搞不好要在官制改革中謀些私利，需要奴婢盯著點？」

朱由崧哈哈一笑：「說的卻是不錯，那你知道該怎麼做了嗎？」

盧九德立刻應道：「奴婢知道該怎麼做了······」